אחסון נתונים בריאותיים באמצעות curl ו-PowerShell

יצירת מערך נתונים

מערכי נתונים מכילים מאגרי נתונים, ומאגרי נתונים מכילים נתונים בתחום הבריאות. כדי להשתמש ב-Cloud Healthcare API, צריך ליצור לפחות מערך נתונים אחד.

בדוגמה הבאה אפשר לראות איך יוצרים מערך נתונים בשם my-dataset באזור us-central1. במדריך הזה לשימוש מהיר תשתמשו במערך הנתונים כדי ליצור מאגרי DICOM, מאגרי FHIR ומאגרי HL7v2.

כדי להשלים את המדריך למתחילים הזה, בוחרים באחד מהקטעים הבאים:

• אחסון והצגה של מופע DICOM
• איך מאחסנים משאבי FHIR וצופים בהם
• איך מאחסנים וצופים בהודעת HL7v2

איך מאחסנים וצופים במופע DICOM

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

1. יוצרים מאגר DICOM.
2. אחסון מופע DICOM בחנות DICOM.
3. צפייה במטא-נתונים של מופע DICOM.

‫Cloud Healthcare API מיישם את התקן DICOMweb כדי לאחסן נתונים של הדמיה רפואית ולגשת אליהם.

יצירת מאגר DICOM

מאגרי DICOM נמצאים בתוך מערכי נתונים ומכילים מופעי DICOM. בדוגמה הבאה אפשר לראות איך יוצרים מאגר DICOM בשם my-dicom-store.

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d "" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores?dicomStoreId=my-dicom-store"

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores?dicomStoreId=my-dicom-store" | Select-Object -Expand Content

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store"
}

שמירת מופע DICOM

1. מורידים למחשב את קובץ המופע לדוגמה של DICOM. הקובץ מכיל צילום רנטגן של מטופל שעבר הסרת פרטים מזהים.

   curl

   curl -O https://cloud.google.com/healthcare-api/docs/resources/dicom_00000001_000.dcm

   PowerShell

   Invoke-WebRequest -Uri "https://cloud.google.com/healthcare-api/docs/resources/dicom_00000001_000.dcm" -OutFile $pwd/dicom_00000001_000.dcm

2. שומרים את מופע ה-DICOM באמצעות ה-method‏ dicomStores.storeInstances. במדריך למתחילים הזה מניחים שאתם מריצים את הפקודה באותה ספרייה שבה הורדתם את מופע ה-DICOM.

   REST

   לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:

   • ‫PROJECT_ID: המזהה של Google Cloud הפרויקט שיצרתם או בחרתם בקטע לפני שמתחילים

   כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:

   curl

   מריצים את הפקודה הבאה:

   curl -X POST \
        -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
        -H "Content-Type: application/dicom" \
        --data-binary @dicom_00000001_000.dcm \
        "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb/studies"

   PowerShell

   מריצים את הפקודה הבאה:

   $cred = gcloud auth print-access-token
   $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
   
   Invoke-WebRequest `
       -Method POST `
       -Headers $headers `
       -InFile dicom_00000001_000.dcm `
       -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb/studies" | Select-Object -Expand Content

   הפלט הוא תגובת ה-XML הבאה. בדוגמה הזו:

   • ‫PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-dicom-store: הערכים שסיפקתם כשמריצים את הפקודה
   • ‫SOPClassUID: מזהה באופן ייחודי את המחלקה Service-Object Pair (SOP)
   • ‫SOPInstanceUID: מזהה באופן ייחודי את מופע Service-Object Pair ‏ (SOP)
   • ‫STUDY_UID: מזהה באופן ייחודי את מופע המחקר
   • ‫SERIES_UID: מזהה באופן ייחודי את מופע הסדרה
   • ‫INSTANCE_UID: מזהה באופן ייחודי את המכונה

   תשובה

   <NativeDicomModel>
     <DicomAttribute tag="00081190" vr="UR" keyword="RetrieveURL">
       <Value number="1">https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb/studies/STUDY_UID</Value>
     </DicomAttribute>
     <DicomAttribute tag="00081199" vr="SQ" keyword="ReferencedSOPSequence">
       <Item number="1">
         <DicomAttribute tag="00081150" vr="UI" keyword="ReferencedSOPClassUID">
           <Value number="1">SOPClassUID</Value>
         </DicomAttribute>
         <DicomAttribute tag="00081155" vr="UI" keyword="ReferencedSOPInstanceUID">
           <Value number="1">SOPInstanceUID</Value>
         </DicomAttribute>
         <DicomAttribute tag="00081190" vr="UR" keyword="RetrieveURL">
           <Value number="1">https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb/studies/STUDY_UID/series/SERIES_UID/instances/INSTANCE_UID</Value>
         </DicomAttribute>
       </Item>
     </DicomAttribute>
   </NativeDicomModel>
   

צפייה במטא-נתונים של מופע DICOM

curl -X GET \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb/instances"

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/dicomStores/my-dicom-store/dicomWeb/instances" | Select-Object -Expand Content

[
   {
      "00080005":{
         "vr":"CS",
         "Value":[
            "CODE_STRING"
         ]
      },
      "00080016":{
         "vr":"UI",
         "Value":[
            "UNIQUE_IDENTIFIER"
         ]
      },
      "00080018":{
         "vr":"UI",
         "Value":[
            "UNIQUE_IDENTIFIER"
         ]
      },
      "00080020":{
         "vr":"DA",
         "Value":[
            "DATE_TIME"
         ]
      },
      "00080030":{
         "vr":"TM",
         "Value":[
            "TIME"
         ]
      },
      "00080060":{
         "vr":"CS",
         "Value":[
            "CODE_STRING"
         ]
      },
      "0008103E":{
         "vr":"LO",
         "Value":[
            "LONG_STRING"
         ]
      },
      "00100010":{
         "vr":"PN",
         "Value":[
            {
               "Alphabetic":"Anonymized"
            }
         ]
      },
   },
...
]

אחרי שמאחסנים את מופע ה-DICOM וצופים בו ב-Cloud Healthcare API, ממשיכים אל ניקוי כדי להימנע מחיובים בחשבון Google Cloud על המשאבים שבהם השתמשתם בדף הזה.

מידע נוסף על עבודה עם נתוני DICOM זמין במאמר מה עושים עכשיו.

אחסון משאבי FHIR והצגתם

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

1. יוצרים מאגר FHIR.
2. אחסון משאב FHIR בחנות FHIR.
3. צפייה בנתונים של משאב FHIR.

‫Cloud Healthcare API מטמיע את תקן FHIR כדי לאחסן נתוני FHIR ולגשת אליהם.

יצירת מאגר FHIR

מאגרי FHIR קיימים בתוך מערכי נתונים ומכילים משאבי FHIR. בדוגמה הבאה מוצג איך ליצור מאגר FHIR בשם my-fhir-store שמשתמש בגרסה R4 של FHIR.

{
  "version": "R4"
}

cat > request.json << 'EOF'
{
  "version": "R4"
}
EOF

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores?fhirStoreId=my-fhir-store"

@'
{
  "version": "R4"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/json; charset=utf-8" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores?fhirStoreId=my-fhir-store" | Select-Object -Expand Content

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store",
  "version": "R4"
}

אחסון משאב FHIR

{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}

cat > request.json << 'EOF'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
EOF

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/fhir+json" \
     -d @request.json \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient"

@'
{
  "name": [
    {
      "use": "official",
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ]
    }
  ],
  "gender": "female",
  "birthDate": "1970-01-01",
  "resourceType": "Patient"
}
'@  | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -ContentType: "application/fhir+json" `
    -InFile request.json `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

{
  "birthDate": "1970-01-01",
  "gender": "female",
  "id": "PATIENT_ID",
  "meta": {
    "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
    "versionId": "VERSION_ID"
  },
  "name": [
    {
      "family": "Smith",
      "given": [
        "Darcy"
      ],
      "use": "official"
    }
  ],
  "resourceType": "Patient"
}

צפייה בתוכן של משאב FHIR

curl -X GET \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient"

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient" | Select-Object -Expand Content

{
  "entry": [
    {
      "fullUrl": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient/PATIENT_ID",
      "resource": {
        "birthDate": "1970-01-01",
        "gender": "female",
        "id": "PATIENT_ID",
        "meta": {
          "lastUpdated": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
          "versionId": "MTY5MDQxMDk5ODU1OTkxNTAwMA"
        },
        "name": [
          {
            "family": "Smith",
            "given": [
              "Darcy"
            ],
            "use": "official"
          }
        ],
        "resourceType": "Patient"
      },
      "search": {
        "mode": "match"
      }
    }
  ],
  "link": [
    {
      "relation": "search",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient/?"
    },
    {
      "relation": "first",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient/?"
    },
    {
      "relation": "self",
      "url": "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/fhirStores/my-fhir-store/fhir/Patient/?"
    }
  ],
  "resourceType": "Bundle",
  "total": 1,
  "type": "searchset"
}

אחרי שמאחסנים וצופים במשאב FHIR ב-Cloud Healthcare API, ממשיכים אל ניקוי כדי להימנע מחיובים בחשבון Google Cloud על המשאבים שבהם השתמשתם בדף הזה.

מידע נוסף על עבודה עם נתוני FHIR זמין במאמר מה השלב הבא.

אחסון והצגה של הודעת HL7v2

בקטע הזה מוסבר איך לבצע את המשימות הבאות:

1. יוצרים מאגר HL7v2.
2. אחסון הודעת HL7v2 במאגר HL7v2.
3. צפייה בנתוני ההודעה בפורמט HL7v2.

ההטמעה של HL7v2 ב-Cloud Healthcare API תואמת לתקן HL7v2.

יצירת מאגר HL7v2

מאגרי HL7v2 קיימים בתוך מערכי נתונים ומכילים הודעות HL7v2. בדוגמה הבאה אפשר לראות איך ליצור מאגר HL7v2 בשם my-hl7v2-store.

curl -X POST \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
     -d "" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores?hl7V2StoreId=my-hl7v2-store"

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method POST `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores?hl7V2StoreId=my-hl7v2-store" | Select-Object -Expand Content

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store"
}

יצירת הודעת HL7v2

1. מורידים את קובץ ההודעות לדוגמה בפורמט HL7v2 למחשב:

   curl

   curl -O https://cloud.google.com/healthcare-api/docs/resources/hl7v2-sample.json

   PowerShell

   Invoke-WebRequest -Uri "https://cloud.google.com/healthcare-api/docs/resources/hl7v2-sample.json" -OutFile $pwd/hl7v2-sample.json

   ההודעה ב-HL7v2 מכילה את המידע הבא, שמקודד בפורמט base-64 בשדה data של קובץ הדוגמה:

   MSH|^~\&|A|SEND_FACILITY|A|A|20180101000000||TYPE^A|20180101000000|T|0.0|||AA||00|ASCII
   EVN|A00|20180101040000
   PID||14^111^^^^MRN|11111111^^^^MRN~1111111111^^^^ORGNMBR
   

2. אחסון ההודעה בפורמט HL7v2 במאגר HL7v2 באמצעות השיטה projects.locations.datasets.hl7V2Stores.messages.create. במדריך הזה מניחים שאתם מריצים את הפקודה באותה ספרייה שבה הורדתם את הודעת HL7v2.

   REST

   לפני שמשתמשים בנתוני הבקשה, צריך להחליף את הנתונים הבאים:

   • ‫PROJECT_ID: המזהה של Google Cloud הפרויקט שיצרתם או בחרתם בקטע לפני שמתחילים

   כדי לשלוח את הבקשה אתם צריכים לבחור אחת מהאפשרויות הבאות:

   curl

   מריצים את הפקודה הבאה:

   curl -X POST \
        -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
        -H "Content-Type: application/json; charset=utf-8" \
        --data-binary @hl7v2-sample.json \
        "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store/messages"

   PowerShell

   מריצים את הפקודה הבאה:

   $cred = gcloud auth print-access-token
   $headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
   
   Invoke-WebRequest `
       -Method POST `
       -Headers $headers `
       -InFile hl7v2-sample.json `
       -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store/messages" | Select-Object -Expand Content

   APIs Explorer

   פותחים את דף העזר של ה-method. החלונית של API Explorer תיפתח בצד שמאל של הדף. אפשר להשתמש בכלי הזה כדי לשלוח בקשות. ממלאים את כל שדות החובה ולוחצים על Execute.

   הפלט שיתקבל: בדוגמה הזו:

   • ‫PROJECT_ID, us-central1, my-dataset, my-hl7v2-store: הערכים שסיפקתם בקריאה לשיטה
   • ‫MESSAGE_ID: מזהה של הודעת HL7v2 שסופק על ידי Cloud Healthcare API. שימו לב לערך של MESSAGE_ID. תצטרכו את הערך הזה בשלב הבא.

   תשובה

   {
     "name": "projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store/messages/MESSAGE_ID",
     "data": "TVNIfF5+XCZ8QXxTRU5EX0ZBQ0lMSVRZfEF8QXwyMDE4MDEwMTAwMDAwMHx8VFlQRV5BfDIwMTgwMTAxMDAwMDAwfFR8MC4wfHx8QUF8fDAwfEFTQ0lJDUVWTnxBMDB8MjAxODAxMDEwNDAwMDANUElEfHwxNAExMTFeXl5eTVJOfDExMTExMTExXl5eXk1STn4xMTExMTExMTExXl5eXk9SR05NQlI=",
     "sendFacility": "SEND_FACILITY",
     "sendTime": "2018-01-01T00:00:00Z",
     "messageType": "TYPE",
     "createTime": "1970-01-01T00:00:00Z",
     "patientIds": [
       {
         "value": "14\u0001111",
         "type": "MRN"
       },
       {
         "value": "11111111",
         "type": "MRN"
       },
       {
         "value": "1111111111",
         "type": "ORGNMBR"
       }
     ]
   }
   

צפייה בתוכן של הודעות HL7v2

מחפשים את MESSAGE_ID בתשובה שקיבלתם כשנוצרה הודעת HL7v2.

curl -X GET \
     -H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
     "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store/messages/HL7V2_MESSAGE_ID"

$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }

Invoke-WebRequest `
    -Method GET `
    -Headers $headers `
    -Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store/messages/HL7V2_MESSAGE_ID" | Select-Object -Expand Content

{
  "name": "projects/PROJECT_ID/locations/us-central1/datasets/my-dataset/hl7V2Stores/my-hl7v2-store/messages/MESSAGE_ID",
  "data": "TVNIfF5+XCZ8QXxTRU5EX0ZBQ0lMSVRZfEF8QXwyMDE4MDEwMTAwMDAwMHx8VFlQRV5BfDIwMTgwMTAxMDAwMDAwfFR8MC4wfHx8QUF8fDAwfEFTQ0lJDUVWTnxBMDB8MjAxODAxMDEwNDAwMDANUElEfHwxNAExMTFeXl5eTVJOfDExMTExMTExXl5eXk1STn4xMTExMTExMTExXl5eXk9SR05NQlI=",
  "sendFacility": "SEND_FACILITY",
  "sendTime": "2018-01-01T00:00:00Z",
  "messageType": "TYPE",
  "createTime": "YYYY-MM-DDTHH:MM:SS+ZZ:ZZ",
  "patientIds": [
    {
      "value": "14\u0001111",
      "type": "MRN"
    },
    {
      "value": "11111111",
      "type": "MRN"
    },
    {
      "value": "1111111111",
      "type": "ORGNMBR"
    }
  ],
  "parsedData": {
    "segments": [
      {
        "segmentId": "MSH",
        "fields": {
          "8.2": "A",
          "11": "0.0",
          "8.1": "TYPE",
          "4": "A",
          "9": "20180101000000",
          "10": "T",
          "17": "ASCII",
          "14": "AA",
          "1": "^~\\&",
          "2": "A",
          "3": "SEND_FACILITY",
          "5": "A",
          "16": "00",
          "0": "MSH",
          "6": "20180101000000"
        }
      },
      {
        "segmentId": "EVN",
        "fields": {
          "0": "EVN",
          "1": "A00",
          "2": "20180101040000"
        }
      },
      {
        "segmentId": "PID",
        "fields": {
          "2.5": "MRN",
          "3[0].1": "11111111",
          "3[0].5": "MRN",
          "3[1].1": "1111111111",
          "3[1].5": "ORGNMBR",
          "0": "PID",
          "2.1": "14\u0001111"
        }
      }
    ]
  }
}

אחרי שמאחסנים את ההודעה בפורמט HL7v2 וצופים בה ב-Cloud Healthcare API, ממשיכים אל ניקוי כדי להימנע מחיובים בחשבון Google Cloud על המשאבים שבהם השתמשתם בדף הזה.

מידע נוסף על עבודה עם נתוני HL7v2 זמין במאמר מה עושים עכשיו.